Los acuíferos sobreexplotados son aquellos que la Confederación Hidrográfica entiende que no tienen agua suficiente para nuevas autorizaciones de pozos a legalizar. O incluso llegado el caso puede reducir el agua a utilizar o extraer del pozo.
Es por ello que los pozos legalizados deben de contar con medidores o contadores en el pozo. El fin no es cobrar por el agua sino controlar la explotación de los recursos naturales hídricos.
Cuando se prevé la sobreexplotación de un acuífero se dejan de conceder licencias de perforación, aunque se mantienen las legales. Solo en algunos casos de gran sequía se pueden solicitar excepciones de riego.
Es por ello que es tan importante tener los pozos legalizados, ya que es una garantía sobre la viabilidad futura de la plantación sobre otras fincas que no lo han solicitado. Es en cierta manera una Guerra del Agua donde los que lleguen primero vencerán.
Las normativas son cada vez más rigurosas y los precios de los cultivos más bajos, el agua es por tanto el elemento más claro de riqueza en zonas con pocas precipitaciones.
Una vez se recupere el estado freático según estimen las propias confederaciones hidrográficas comenzarán a admitir nuevas solicitudes. Castilla la Mancha y la Confederación Hidrográfica del Guadiana son un claro ejemplo en la gestión de los acuíferos sobre explotados.